De meeste deskundigen op dit gebied zijn van mening dat fibromyalgie door meerdere factoren wordt bepaald. Zo kan bijvoorbeeld een darminfectie aanleiding geven tot voedselovergevoeligheid en een verzwakking van het immuunsysteem. De verzwakking van het immuunsysteem leidt dan weer tot een grotere gevoeligheid voor infecties. Schimmelinfecties, met name de Candida Albicans schimmelinfecties komen bijvoorbeeld veel voor bij fibromyalgiepatiënten.

Het prikkelbare darmsyndroom (spastische darm) is ook een bekend en veel voorkomend verschijnsel. Ook komt reuma vaak in het voorgeslacht voor. Vaak blijkt dat een merendeel van de fibromyalgiepatiënten last hebben van virale belastingen. Veel voorkomende virussen zijn het pfeiffervirus en het herpesvirus. Vaak zijn het "oude" virussen die nog steeds aanwezig zijn in het lichaam maar niet meer traceerbaar middels regulier bloedonderzoek.

Veel voorkomend  zijn ook bacteriële belastingen waaronder de tekenbeetbesmetting of te wel ziekte van lyme. Veel fibromyalgiepatiënten lopen, vaak zonder dat ze dit zelf weten, rond met een tekenbeetbesmetting. 

Fibromyalgie komt ook meer voor bij mensen met bepaalde eigenschappen.

Meer en meer deskundigen veronderstellen dat fibromyalgie mede ontstaat door toxische overbelasting en verzuring. Als de lever niet meer in staat is zijn gifstoffen te verwijderen, worden deze opgeslagen in de spiervezels en het bindweefsel, wat voor de fibromyalgiepatiënt veel klachten kan veroorzaken. 

Een Amerikaanse chiropractor ontdekte dat bijna alle mensen met fibromyalgie terugkomende rugklachten hebben. De oorzaak was een slecht functionerende alvleesklier. De alvleesklier produceert te weinig enzymen bij fibromyalgie waardoor bloedsuikerschommelingen en spijsverteringsproblemen ontstaan. Met een verzwakt afweersysteem als gevolg. 

Veel fibromyalgiepatiënten ervaren chronische stress. Relatieproblemen maar ook problemen uit het verleden kunnen daarbij een rol spelen. Fibromyalgie openbaart zich vaak na een periode van langdurige stress. Doordat chronische stress vaak "diep" in het onderbewuste systeem aanwezig is kan hierdoor een slaapprobleem ontstaan. De fibromyalgiepatiënt komt dan ook vaak volkomen verstijfd uit bed.  Een verklaring kan zijn dat tijdens de slaap het onderbewustzijn nog steeds bezig is met het verwerken of herbeleven van de (emotionele) problemen uit het verleden. Van een herstellende diepe slaap kan dan ook geen sprake zijn. 

De vraag of fibromyalgie al dan niet erfelijk is, is nog steeds niet duidelijk. Volgens sommige wetenschappers is de aandoening het resultaat van een genetische afwijking die van moeder op dochter wordt overgeleverd. Ook wordt gesteld dat de genen het pijnproces regelen. Mensen met fibromyalgie zouden gevoelig zijn voor pijnen die anderen niet voelen. De verantwoordelijke genen zijn tot dusver echter nog niet gevonden.